現金や預金、その他の資産管理、損益計算書や貸借対照表などの財務諸表の作成、給料計算（月次給与・賞与・退職金・初任給算定・昇給・賃金表の改訂）、保険・リース管理、保育所などの補助金申請、税金の申告及び納税、決算報告など業務は多岐に渡ります。また、新須磨病院における経理業務は、新須磨病院としての経理処理と医療法人慈恵会全体の経理処理との二重構造になっています。経理処理を行う際は、特定医療法人としての承認要件を満たすことを常に念頭に置いて業務しています。